Die hauptsächliche Überlieferungslinie des Aikijutsu sollte jedoch nicht allein an den Minamoto-Clan geknüpft bleiben, sondern später auf den Takeda-Clan übergehen, eine der vielen Seitenlinien der Minamoto. Schon zur Zeit der Taira, die die Herrschaft der Minamoto für einige Zeit blutig unterbrochen hatten, war Minamoto Yoshikiyo, ein Sohn von Minamoto Yoshimitsu, in die Provinz Kai übergesiedelt, um dort mit seinen Familienangehörigen und Vasallen einen neuen Clan zu gründen. Zur Betonung ihrer Unabhängigkeit vom Minamoto-Clan nannten sie sich fortan Kai Genji Takeda (Kai war der Name der Provinz, Genji die ursprüngliche Bezeichnung ihrer Minamoto-Vorfahren und Takeda der neue Name des Clans).

Unter Führung von Minamoto Yoshikiyo, der ein Erbe und Meister der geheimen Minamoto-Kampfkunst war, entwickelten die Takeda aus dem Aikijutsu bald ihre einzigartige Kampfkunst, der sie den Namen Takeda ryu gaben. Dieses System beinhaltete waffenlose Techniken für den Nahkampf, Bogenschießen, Reiten, Speer- und Schwertkampf und erweiterte die bisherigen Kampfmethoden für das Schlachtfeld um die sogenannten Gunpo-Techniken (Gelände-Strategien). Doch erst im 16. Jahrhundert sollten die Kampfkünste der Takeda unter der Regentschaft von Takeda Nobutoru ihre wahre Blütezeit erleben. Bis zu diesem Zeitpunkt hatte es innerhalb jeder Generation des Clans anhaltende Machtkämpfe gegen rivalisierende Familien oder Auseinandersetzungen mit dem regierenden Shogun gegeben, so dass erst 1515 die Macht der Takeda so weit gefestigt war, dass Nobutoru in Kai eine zentralistische Regierung errichten konnte.

Takeda Harunobu, besser bekannt unter dem Namen Takeda Shingen, sollte sich später zu einem der brillantesten Heerführer in der japanischen Geschichte entwickeln. In den Jahren nach seiner Thronbesteigung führte Shingen viele siegreiche und berühmte Schlachten und wurde so allmählich zum mächtigsten und gefürchtetsten Takeda-Fürst. Die Samurai seines Clans waren unter seiner Führung zu einer unüberwindlichen Elite-Einheit geworden, die zu Lebzeiten Takeda Shingens nie besiegt wurde. Im Jahr 1572 maß Takeda Shingen zum wiederholten und nunmehr letzten Mal seine Kräfte mit dem zukünftigen Shogun Tokugawa Ieyasu und besiegte ihn schließlich. Doch der Krieg gegen den Tokugawa-Clan hatte die Kräfte der Takeda stark dezimiert, und Takeda Shingen, der im Kampf gegen Tokugawa eine schwere Verletzung davon getragen hatte, rang mit dem Tode. Zwei mit den Takeda verfeindeten Clans witterten die Chance und griffen zwei Jahre später gemeinsam die Widersacher an. Die Takeda wurden im wahrsten Sinn des Wortes vernichtend geschlagen - 12 000 ihrer 15 000 Samurai fanden den Tod. Trotz ihrer überlegenen kämpferischen Ausbildung hatten sie diesmal keine Chance - ihre Gegner verfügten über Musketen, und die Geschosssalven streckten aus sicherer Distanz die Takeda-Samurai reihenweise nieder.

Seines Fürstentums beraubt und in völliger Ausweglosigkeit nahm der letzte Takeda, Takeda Kunitsugu, das Angebot seiner Verwandten aus Aizu an, die Elite der Aizu-Samurai im Takeda ryu zu unterrichten. Nun war er der letzte noch lebende Erbe dieser berühmten Kriegskunst und das einzige Bindeglied ihrer Überlieferung aus der Vergangenheit in die Gegenwart.