Nach über zwei Jahrhunderten absolutistischer Herrschaft des Tokugawa-Shogunats glitt Japan zu Ende des 19. Jahrhunderts langsam in den letzten Abschnitt seiner tausendjährigen Militärherrschaft und erfuhr schließlich durch die Meiji-Reform die gravierendsten gesellschaftlichen Veränderungen seiner Geschichte.

Zwischen den Anhängern des bisher nahezu uneingeschränkt herrschenden Shoguns und jenen, die den Kaiser wieder an die Macht bringen wollten, entbrannte ein verheerender Bürgerkrieg. Zwar hatte der Shogun Tokugawa Yoshinobu zugunsten des jugendlichen Meiji-Tenno abgedankt, doch die tokugawatreuen Fürsten (allen voran der Aizu-Daimyô) wollten sich damit nicht abfinden. Sie dominierten immer noch am Kaiserhof von Kyoto und diktierten sämtliche Regierungsentscheidungen. Um dem ein Ende zu bereiten, besetzten die kaisertreuen Truppen der Clans von Satsuma, Tosa, Echizen, Aki und Owari am 3. Januar 1868 die Hauptstadt Kyoto, entließen den gesamten Hofstaat und erklärten das Shogunat für abgeschafft.

Obwohl dem entmachteten Shogun Yoshinobu als Ausgleich hohe Staatsämter angeboten wurden, verließ er Kyoto und zog nach Osaka, wo er sich auf Drängen des Daimyô von Aizu für einen neuen Waffengang gegen den Kaiser rüstete. Am 27. Januar 1868 griffen seine Truppen zusammen mit den Samurai von Aizu und Kuwana die kaiserlichen Armeen an. Bei Fushimi wurden sie von den Kwangun (Verbündete des Kaisers) gestellt und in einem dreitägigen Kampf besiegt. Die Samurai flohen in wilder Unordnung, wurden verfolgt und in großer Zahl getötet. Zunächst konnte sich der Shogun nach Edo (später Tokyo) retten, wo er erneut von dem Daimyô der Aizu und den Sendai bedrängt wurde, den Kampf fortzusetzen. Doch schließlich gab er auf, bekannte seine Niederlage und zog sich endgültig ins Privatleben zurück.

Unterdessen drang die erfolgreiche kaiserliche Armee unter Saigo Takamori nach Edo vor, wo sie immer noch auf erbitterten Widerstand verschiedener shogunatstreuer Gruppierungen, vor allem aber auf den ungebrochenen Widerstand der Krieger aus Aizu stieß. Diese verteidigten gemeinsam mit den Komuso bis zum letzten Mann den Tempel von Edo (Uyeno), der in diesen Kämpfen in Flammen aufging. Auch im Hochland von Aizu und Wakamatsu sowie in Matsumaye und Hakodate auf Ezo wurde noch weiter gekämpft. Am 1. Juli 1869 schließlich waren alle Anhänger des Shogunats endgültig besiegt.