Das Aikido hat seinen Ursprung in der Lehre der Minamoto-Samurai aus der Kamakura-Zeit (1185 - 1333) - vgl. auch die Grafik. Die Grundtechniken wurden von mehreren Mitgliedern der Minamoto-Familie gegründet. Später hatten die Takeda (Familienzweig der Minamoto) die Kampfmethoden perfektioniert und die verletzlichen Punkte des menschlichen Körpers definiert, die man treffen musste, um einen Gegner zu töten. Das Aikido beinhaltet dadurch heute noch viele Techniken, die den o. g. Ursprüngen sehr ähnlich sind, jedoch nicht mehr den zerstörerischen Charakter haben.

In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts eröffnete Takeda Sogaku eine Schule, in der er das Daitô-ryû, eine Kampfkunst des alten Aikijutsu lehrte. Daitô-ryû und Aiki-jutsu können auf die alte Kampfkunst der Minamoto zurückgeführt werden. Ueshiba Morihei besuchte diese Schule, nachdem er bereits im Jûjutsu, Kenjutsu und Sôjutsu unterrichtet wurde und 1908 das Menkyo-kaiden in mehreren Kampfkünsten erlangt hatte. Ueshiba vermisste in jener Zeit am meisten die Entwicklung von Energie durch Sanftheit und Harmonie. Er suchte das Mittel zur Verwirklichung seiner Vorstellungen viele Jahre vergeblich. Er begegnete dem Oberhaupt der daoistisch-shintoischen Sekte, dem Mönch DEGUCHI TAISABURO. Die philosophischen Vorstellungen von diesem Mönch (Einheit zwischen Geist und Körper, Lebensenergie und die kosmische Vitalität) faszinierten Ueshiba so sehr, dass er jahrelang das Omoto-kyô unter Deguchi studierte. Durch diese Studien beeinflußt, veränderte Ueshiba seine Gedanken über die Kampfkunst grundlegend. Der Begriff "Kampf" war nicht mehr Bestandteil seines Bewußtseins und durch tiefgreifende Überlegungen veränderte er die Prinzipien des Daitô-ryû und nannte seine Kunst die "Kampfkunst der Harmonie" - Aiki-Bujutsu.

Bereits 1927 eröffnete Ueshiba in Tôkyô seine eigene Schule und 1931 folgte das Kobukan, in denen er erstmals hier seine besondere Art der Verteidigung lehrte, die auf dem Prinzip des Aiki beruht. Hier gab er dem Aikido eine ähnliche Bedeutung wie KANÔ dem Judo. Die Entwicklung der beiden Budo-Systeme war zu diesem Zeitpunkt noch eng miteinander verbunden, denn viele Schüler Ueshibas waren bereits Meister des Kôdôkan. Zwischen 1930 und 1940 entstanden mehrere Dojo, in denen Ueshiba Aikijutsu lehrte. 1941 wurde die Kampfkunst vom Butokukai anerkannt.

Ueshiba gründete im selben Jahr in der Präfektur Ibagari ein neues Dojo und übertrug seine Sohn die Leitung des Kobukan. 1942 nannte Ueshiba sein System endgültig in "Aikido" um. Das Kobukan (später Kobukai) war das erste öffentliche Aikido-Dojo. Dort wurde die Kampfkunst Ueshibas bis 1944 Tenshin-Aikido und ca. ab 1948 Busan-Aikido genannt. Der Name Aikido wurde ursprünglich von MINORU HIRAI, einem Schüler Ueshibas für dessen eigene Version verwandt (Hirai lehrte seine eigene Variante, nachdem er Ueshiba verlassen hatte). Der Begriff "Aikido" setzte sich jedoch als Begriff für Ueshibas Kampfkunst durch und 1948 wurde mit Hilfe des O-Sensei der Aikido-Verband "AIKIKAI" gegründet und durch einige Meisterschüler weltweit verbreitet.

Durch eine Aikido-Demonstration in Tokyo, die 1954 stattfand, zog das Aikido so großes Interesse auf sich, dass im Anschluß im ganzen Land Aikido-Schulen eröffnet wurden. 1955 wurde in Tokyo das Yoshinkai als Aikido-Zentrum gebaut. SHIODA GOZO als einer der ersten Schüler Ueshibas wurde als Haupttrainer im Yoshinkai eingesetzt. Später entstand das Hombu-Dojo, welches bis heute noch das weltweite Zentrum des Aikikai ist.